Nel corso degli anni ’60 del XVI secolo papa Pio IV decise, attraverso l’azione del cardinal legato Carlo Borromeo e il suo vice legato Pier Donato Cesi, di donare una nuova immagine monumentale alla città di Bologna. Tra 1562 e 1563 il vice legato Cesi sovraintese alla costruzione del palazzo dell’Archiginnasio concepito come sede definitiva ed unitaria dello Studium bolognese che, dalla sua creazione, era rimasto disperso tra varie sedi.

Il 22 e il 24 febbraio del 1530 Carlo V d’Asburgo veniva incoronato dal pontefice Clemente VII Imperatore del Sacro Romano Impero. Con il termine della Guerra della Lega di Cognac (pace di Barcellona 1529 e pace di Bologna 1530) Bologna divenne teatro dell’ultima incoronazione imperiale realizzata da un pontefice. Il 22 febbraio veniva incoronato, ricevendo la corona ferrea, re d’Italia nella cappella Farnese di palazzo d’Accursio.

Lo scontro ideologico tra il papato e Bologna comportò una reazione del milieu culturale bolognese. Con l’emanazione, da parte di Sisto V, della Bulla Confiscationis del 1588 i bolognesi si videro sottoposti al controllo diretto della Camera Apostolica. In reazione il Senato riprese ed utilizzò i capitoli di Niccolò V del 1447 per argomentare, di fronte alle azioni papali, i diritti che possedeva sull’autogestione delle proprie risorse.