Nel corso degli anni ’60 del XVI secolo papa Pio IV decise, attraverso l’azione del cardinal legato Carlo Borromeo e il suo vice legato Pier Donato Cesi, di donare una nuova immagine monumentale alla città di Bologna. Tra 1562 e 1563 il vice legato Cesi sovraintese alla costruzione del palazzo dell’Archiginnasio concepito come sede definitiva ed unitaria dello Studium bolognese che, dalla sua creazione, era rimasto disperso tra varie sedi.

Il 22 e il 24 febbraio del 1530 Carlo V d’Asburgo veniva incoronato dal pontefice Clemente VII Imperatore del Sacro Romano Impero. Con il termine della Guerra della Lega di Cognac (pace di Barcellona 1529 e pace di Bologna 1530) Bologna divenne teatro dell’ultima incoronazione imperiale realizzata da un pontefice. Il 22 febbraio veniva incoronato, ricevendo la corona ferrea, re d’Italia nella cappella Farnese di palazzo d’Accursio.

Lo scontro ideologico tra il papato e Bologna comportò una reazione del milieu culturale bolognese. Con l’emanazione, da parte di Sisto V, della Bulla Confiscationis del 1588 i bolognesi si videro sottoposti al controllo diretto della Camera Apostolica. In reazione il Senato riprese ed utilizzò i capitoli di Niccolò V del 1447 per argomentare, di fronte alle azioni papali, i diritti che possedeva sull’autogestione delle proprie risorse.

La forma di governo della città di Bologna denominata “mista” trae la propria origine dai capitoli conclusi con il pontefice Niccolò V nel 1447. Il governo doveva essere esercitato con il consenso delle magistrature cittadine e del Legato papale, aiutato dal vice-legato.
Questa situazione comportò la nascita del detto: “Nulla può il Legato senza il Senato, nulla il Senato senza il Legato”.

Giuliano della Rovere divenne papa il 1° novembre 1503 e buona parte della sua azione di governo fu diretta al recupero dei domini pontifici. Fedele al suo obiettivo nel 1506 comminò la scomunica al signore di Bologna Giovanni Bentivoglio e l’11 novembre dello stesso anno entrò trionfalmente in città. Per prima cosa abolì il Consiglio dei Sedici, espressione del potere bentivolesco, creò il Collegio dei Quaranta e nominò nuovi Anziani e nuovi esponenti dei Collegi cittadini.