Giuliano della Rovere divenne papa il 1° novembre 1503 e buona parte della sua azione di governo fu diretta al recupero dei domini pontifici. Fedele al suo obiettivo nel 1506 comminò la scomunica al signore di Bologna Giovanni Bentivoglio e l’11 novembre dello stesso anno entrò trionfalmente in città. Per prima cosa abolì il Consiglio dei Sedici, espressione del potere bentivolesco, creò il Collegio dei Quaranta e nominò nuovi Anziani e nuovi esponenti dei Collegi cittadini. Il legato papale diventava la carica più alta nel territorio bolognese e godeva dei più vasti poteri su tutto il territorio da lui governato. Nonostante il riassetto papale in città molti erano rimasti legati alla famiglia Bentivoglio che, rifugiatasi presso Luigi XII di Francia, tramava per rientrare in possesso della città. Dopo alcuni tentativi falliti riuscirono a rientrare in città il 23 maggio del 1511 sfruttando la debolezza del legato Francesco Alidosi. I simboli del dominio papale vennero abbattuti, anche la statua bronzea di Giulio II eseguita da Michelangelo. Bologna in questo periodo aderì al concilio pisano-milanese promosso dal re di Francia e incorse così nelle ire del papa. La reazione non si fece attendere e il 13 giugno del 1512 la città venne riconquistata dal duca di Urbino in nome della Chiesa. I Bentivoglio lasciarono definitivamente il governo della città e Bologna fu oggetto del castigo papale perdendo il Collegio dei Quaranta e subendo pesanti ritorsioni in materia fiscale. Il successore di Giulio II, Leone X Medici pose fine alla repressione reintegrando il Collegio dei XL cementando un’alleanza con i notabili bolognesi.
Antonio Marson Franchini